מחלקת ההנדסה של מעיינות הדרום אמונה על תפעול, תחזוקה שוטפת, שדרוג ופיתוח כל המערכות הנוגעות לאספקת המים ואיכותם, כולל סילוק הביוב באופן מיטבי, תוך שמירה על בריאות הציבור ואיכות הסביבה.

כמו כן אחראית מחלקת ההנדסה על יישום תכניות אב למים וביוב. צוות המחלקה פועל 24 שעות ביממה לטיפול במקרי שבר/תקלות, באופן המקצועי, המהיר והאיכותי ביותר.