תאגיד מעיינות הדרום אחראי על 4 מכונים לטיפול בשפכים:
המכון מטפל בכ – 2,000,000 מ”ק שפכים בשנה.
במכון מטוהרים כ- 30% מהשפכים לאיכות שלישונית.
הקולחים המטוהרים משמשים להשקיה ציבורית ברחבי העיר ולהשקיית גידולים חקלאיים.
במהלך שנת 2015 יטוהרו יתרת 60% גם הם לאיכות שלישונית.
מטפל בכ – 1,500,000 מ”ק שפכים בשנה.
במכון טיהור ערד מטוהרים כ- 100% מהשפכים לאיכות שלישונית.
הקולחים המטוהרים משמשים להשקיה להשקיית גידולים חקלאיים.
המכון מטפל בכ – 700,000 מ”ק שפכים בשנה.
במכון טיהור ירוחם מטוהרים כ- 100% מהשפכים לאיכות שלישונית.
הקולחים המטוהרים משמשים להשקיה פארק ירוחם.
המכון מטפל בכ – 400,000 מ”ק שפכים בשנה.
במכון טיהור מצפה רמון : בסוף שנת 2014 יוקם מערך טיפול שלישוני לטיפול כל שפכי המכון.
הקולחים המטוהרים משמשים להשקיה להשקיית גידולים חקלאיים.